سلام
اگر از گزینه ی تنظیمات SEO همه ی موارد جز use apache فعال باشند، همه ی لینکها باید index.php بخورند.
احتمالا اون مواردی که index.php ندارند و به خطا 404 میرسند مربوط به زمانی هستند که use apache فعال بوده و شما بصورت دستی لینکها رو وارد کردید. یه بررسی در این زمینه بکنید و لینکها رو مجدد وارد کنید.
یا علی
علاقه مندی ها (Bookmarks)