استفاده از js در مطلب

سلام
خسته نباشین

توی یه مطلب می خوام از جاوا اسکریپت استفاده کنم و بالای مطلب، اسکریپت زیر رو می نویسم:

کد:

<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.10.1/jquery.min.js" type="text/javascript"></script> <script type="text/javascript">...</script>

اسکریپتم درست کار می کنه اما منوی سایت و بعضی قسمتها دیگه احتمالاً از jquery استفاده می کنن مشکل پیدا می کنن. ضمناً وقتی خط اول یعنی jquery رو که حذف می کنم مشکل کاملاً رفع می شه اما خوب اسکرپیتم دیگه درست کار نمی کنه!
اگه علتش رو و روش رفع اشکال رو راهنمایی کنین ممنون می شم.
قبل از هر چیز تشکر می کنم