یک بک آپ بگیرید و موقعی که می خواهید اکسپورت کنید گزینه ی upadate رو انتخاب کنید

در این صورت فقط اون هایی که نیست رو به روز میکنه به بقیه کاری نداره

این کار رو میشه از خود backup مدیریت سایت cpanel هم استفاده کردو انجام داد