این کلاسها چه در فایل index.php در قسمت <head><style> کلاسها..... </style></head> تعریف بشن و چه در فایل CSS فرقی نمیکنه.
البته این کارو هم کردم ولی نشد....
شما بعد از اینکه کلاسها رو تعریف کردید بعدش باید در فایل index.php این کلاسها رو به <div> تگهاتون نسبت بدید, مثلا در اینجا به این شکل نسبت داده شده:
کد:
<div id="ja-headerwrap">
<div id="ja-header" class="clearfix">

	<h1 class="logo">
		<a href="[مهمان/کاربر گرامی برای دیدن لینک ها ابتدا باید عضو سایت شوید و لاگین کنید برای ثبت نام اینجا کلیک کنید] title="انجمن هاي تخصصي مهندسي پزشكي ايران"><span>انجمن هاي تخصصي مهندسي پزشكي ايران</span></a>
	</h1>

	<!-- BEGIN: MAIN NAVIGATION -->
	<div id="ja-mainnav" class="clearfix">
		<div id="ja-slidemenu" class="mainlevel clearfix">
و الا اخر...