سلام بسته ارتقا را با پسوند .tar.gz تبدیل کنید و آپلود کنید تا تمام فایل ها overwrite بشوند.
برای این کار برنامه powerarchiver منسب هست ابتدا .zip رو باز کنید روی سیستم و بعد به .tar فشرده کنید یا با استفاده از FTP فایل ها رو جایگزین کنید.
یا علی