سلام.
خوب اگر کد جاوا را خودتون به صورت آماده دارید بزارید تو یک فایل js و با همون پسوند ذخیره کنید و بعد توی صفحه ی مورد نظر بیت تگ های head به این صورت فایل را فراخوانی کنید :
کد:
<script src="YourJavaScript.js" language="javascript" type="text/javascript" ></script>
در اینجا هم می تونید راهنمایی های بیشتر را ببینید :
کد:
http://www.neopersia.org/javascript/syntax.xhtml
اگر منظورتون را درست متوجه نشدم لطفا بیشتر توضیح بفرمایید.

یـــــــــــــــــاعـــــ ـــــــــــلی