سلام

این کد تنها عملیات قفل کردن www را انجام میدهد و مسلما باید با زدن تیک دوم تنظیمات SEO سایت شما به مشکل بخورد.
برای رفع مشکل محتویات فایل htaccess.txt رو در htaccess. و زیر محتویات کنونی کپی کنید. سپس خط زیر رو از محتویات کپی شده حذف کنید:

RewriteEngine on


یا علی