یک فایل جدا با نام template_rtl.css بسازید و عملیات فارسی سازی رو روش انجام بدید.
بعد هم به فایل index.php لینکش کنید.یعنی این کد ها رو به فایل index تون اضافه کنید:
کد:
<?php if($this->direction == 'rtl') : ?>

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="<?php echo $templateUrl; ?>/css/template_rtl.css" />  

<?php endif; ?>
بعدش هم به فایل template.xml تون فایل css جدیدتون رو اضافه کنید.
موفق باشید.