سلام
تمام محتویات داخل پوشه httpdocs یا www یا public_html (این مورد به نوع کنترل پنل شما بستگی داره) رو از طریق filemanager زیپ کنید.
یعنی فایل ها و پوشه ها رو انتخاب کنید و به دنبال گزینه compress یا zip بگردید و با این روش فایل های سایتتون رو زیپ کنید و دانلود کنید.
بعد انجام این کار شما با اون بک آپی که قبلاً از دیتابیستون گرفتین و این فایل زیپی که الان درست کردید یک بک آپ دستی از وبسایتتون گرفتید و حتی می تونید در لوکال هم ازش استفاده کنید.