سلام
شما هر فایلی را در cpanel در مسیر publichtml آپلود کنید در ریشه سایت شما محسوب می شود.
مثلا اگر فایل را در مسیر /public_html/downloads/1.zip آپلود کنید مسیر آن رد سایت به صورت زیر است:
site.com/downloads/1.zip
موفق باشید