سلام

خير نيازي به قرار دادن جوملا در پوشه ي جداگانه نيست(البته اين كار بستگي به شما داره). اولويت خوندن فايل ها در سرور با html هست و اگر در يك سايت دوتا فايل index.html و index.php داشته باشيم اول html لود ميشه.
کد فلشم رو توی index.html بزارم و اون رو بزارم توی روت؟
بله
موفق باشيد