ببینید چون بخش آپلود فایل در سی پنل به صورت ایجکس هست شاید با مرورگر شما مشکل داره
از یه مرور گر دیگه ای استفاده کنید تست کنید ببینید چی میشه !
یا اینکه بعد از آپلود فایل صفحه رو Refresh کنید
برای حذف فولدر هم شاید سطح دسترسی رو درست تعیین نکردید
سطح دسترسی رو بر روی 777 قرار بدید قانونا که باید بتونید فولدر رو حذف کنید
این کارهایی رو که گفتم انجام بدید نتیجه رو اعلام کنید