شما فایل JQuery تون رو بنویسید . یک پوشه در قالبتون بسازید به نام (مثلا) js بگذارید کتابخانه JQuery و فایلی که نوشتید را در آن پوشه (js) قرار بدید
و در تگ header صفحه index.php اون فایل را به قالب معرفی کنید.