جدا کردن کدهای php از جی کوئری

[mrsoroush]

با سلام
من به یک مشکلی برخوردم. اینکه در کد صفحه index.php از کدهای php و جی کوئری به صورت تو درتو در یک تگ اسکریپت استفاده شده و من میخوام کلا کدهای جی کوئری رو در یک فایل خارجی ذخیره کنم و در صفحه اصلی فایل رو فراخوانی کنم. بطوریکه هیچ کد جی کوئری و جاوااسکریپت در کد صفحه اصلی نباشه. اما کدهای php مشکل ساز شده و نمیشه این کدها رو جدا کرد.
کسی میتونه یه راه حلی بده که کدهای جی کوئری رو در یه فایل دیگه ذخیره کنم یا اگه نمیشه اونها رو از کدهای php جدا کرد کاری کرد که کدهای جی کوئری و js در سورس کد نشون داده نشه؟
ممنون