سلام
کلاً اینترنت اکسپلورر از این ناسازگاریها زاد داره. البته در نسخه ی 10 قرار شده که حتی از موزیلا وکروم هم بهتر بشه
بررسی کنید که توی پوشه ی css قالبتون فایلی برای ie وجود داره یا نه. احتمالاً قالب سازگار با نسخ اینترنت اکسپلورر نیست یا اینکه کلاً دستوراتش رو اشتباه نوشتن!

موفق باشید