راه معمول تعویض favicon.ico اینکه یک عکس با همین نام و فرمت (favicon.ico) در پوشه root جوملا قرار داده بشه . اگر این کار را انجام دادید و تصویر favicon عوض نشد. (البته یکبار cache مرورگر را پاک کنید و تست کنید.)
احتمالا شما از یک framework طراحی قالب استفاده میکنید مثل jaT3 یا Helix
لطفا اسم اون فریم ورک را بگید تا بهتون بگم به چه صورتی عوض کنید.