نصف قضیه حل شد. اینم راهش:
باید کد زیر رو توی قسمت SH404SSEF > Configuration > .Very adv تغییر بدید:

$shDefaultParams['sh404SEF_REDIRECT_IF_INDEX_PHP'] = 1; به $shDefaultParams['sh404SEF_REDIRECT_IF_INDEX_PHP'] = 0;

مشکل باقی مونده اینه که وقتی داخل سایت هستید و روی صفحه اصلی کلیک می کنید، صفحه اینترو باز میشه