تقریبا مشکل حل شد
این خط را به فایل .htaccess اضافه کنید.
RewriteRule ^index.php.? /? [R=301,L]
این صفحه ها ریدایرکت میشه .

البته همه سایت های جوملا این طور هستند. اما ایندکس نمیشوند. اما برای من میشد.
من این کد را اضافه کردم ببینم صفحات تکراری حذف میشه یا نه.
نتیجه را اعلام میکنم