سلام

با ارتقا از جوملا 2.5 به 3 مشکلی برای لینکهای شما پیش نخواهد آمد لذا مورد خاصی نیست و شما می توانید با خیال راحت این کار را انجام دهید
فراموش نکنید قبل از هر تغییری بکاپ تهیه کنید

یا علی