راه حلی براش پیدا نکردم. مجبور شدم تگ <link href="http://mydomain.com" rel="canonical" /> رو بلافاصله بعد از <head> در فایل index.php قالب قرار بدم تا از نظر اولویت بالاتر از <link href="http://www.mydomain.com" rel="canonical" /> قرار بگیره.
اولویت رو تگ اول قرار میده اما فکر نمیکنم راه خوبی باشه چون الان در view source صفحه اول دو تا تگ دارم.