دوست عزیز در صورتی که سایت شما بر پایه فریم ورک باشه باید در پوشه پلاگین ها هم این گزینه رو تغییر بدید
مسیر مورد نظر شما اینجاست
/plugins/system/jat3/jat3/base-themes/default/images/favicon.ico