با توضیحاتی که بنده در لینیک که دادید خوندم توضیح داده که چگونه روزنه نفوذی رو پیدا کرده که با base64 کدگذاری شده و اون رو به صورت php قرار داده
اما راهنمایی نکرده راه حل چیست
چیزی که به نظر من می رسه
1- رمز عبور هاست / اف تی پی رو تغییر بدید
در صورت اشنایی کامل با شیوه تغییر نام پوشه مدیریت این کار رو انجام بدید
قبل از اون یک بکاپ بگیرید
فایل htaccess رو هم به صورت خام که در بسته جوملا قرار داره دوباره اپلود کنید