با سلام
جایگزینی فایل ها هیچ آسیبی به سایت قالب و ... وارد نمیکنه
البته قبلش بکاپ بگیرید تا خیالتون راحت باشه
کلیه اطلاعات شما در دیتابیس است و موردی پیش نمیاد
موفق باشید