این‌جا می‌تونم از یک تجربه شخصی بگم.

خیلی وقت پیش، با پرمیشن فایل‌ها و فولدرهای جوملا در اوبونتو مشکل داشتم.

برای این‌که خیلی با این مسائل درگیر نشم از virtual host استفاده کردم. بعد از تنظیمات virtual host، یوزر خودم رو به گروه اضافه کردم.
بعد یوزر خودم رو با یوزر آپاچی تعویض کردم که مشکل به کلی حل شد.