سلام دوست عزیز
راه اول:
از سایت زیر اسکنر جوملا را دانلود کنید و اجرا نمایید تا آنتی شل ها پیدا شوند
[مهمان/کاربر گرامی برای دیدن لینک ها ابتدا باید عضو سایت شوید و لاگین کنید برای ثبت نام اینجا کلیک کنید]
در پایان فایل htaccess را نیز بازسازی نمایید
اگر بعد این کار آلودگی وجود داشت راه دوم را انجام بدید
راه دوم:
ابتدا فایل htaccess را کنترل کنید که تغییر نکرده باشد چونکه با شرایطی که فرمودید این فایل تغییر یافته
دوم باید کلیه فایل ها به جز css و تصاویر قالب و تصاویر سایت و ...(غیر php) را حذف و فایل های سالم را بارگزاری نمایید
موفق و پیروز باشید