در مورد مشکل اولتون اینکه phpmyadmin یه سری مکانیزم اعتبار سنجی واسه خودش داره که ربطی به دیتابیس نداره که باید اونارو تنظیم کنید ولی اگه واستون اهمیتی نداره تو شاخه libraries یه فایل هست به اسم config.default.php اونو کپی کنید به شاخه اصلی phpmyadmin و اسمش رو عوض کنید به config.inc.php حالا کافیه فقط خط های مربوط به یوزر و پسورد رو مطابق با اونچیزی که در نظر گرفتید تصحیح کنید.
در مورد سوال دومتون به نظر میرسه مشکل از نصب کننده باشه, یعنی اگه همین ورژن آخری رو دارید نصب میکنید و فایلها هم سالمن چون بقیه بدون مشکل نصب کردن تنها چیزی که به ذهن من میرسه اینه که استفاده از mysql6 باعث این مشکل شده یا چون شما دارید از نسخه آلفا استفاده میکنید که اصولا نسخه های آلفا و بتا نسخه های استیبل نیستن.